鄂尔多斯市蒙古族中学源于1939年创建的国立伊盟中学,其为民汉合校。1956年伊克昭盟第二中学成立，开启了民族语言授课完全中学的历史。1973年以来，几度易名，2001年撤盟设市，学校定名为鄂尔多斯市蒙古族中学。

2012年，学校喜迁位于国家4A级城市旅游景区康巴什新区新校区，学校占地面积约324亩，各建筑群布局合理、功能完善、装备精良。学校有教职工183人，其中高级教师64人（包括特级教师4人），获自治区、国家级优秀教师（“五一劳动奖章”）6人，自治区学科带头人、教学能手13人；鄂尔多斯市学科带头人、教学能手58人。师资结构合理，师风高尚、业务精湛，成为学校发展的强大动力。

学校秉持“制度为基、自主管理”的管理理念，传承民族精华，锐意改革创新，在“互联网+课堂”教学模式、体育特色课程建设等方面取得了骄人业绩。

鄂尔多斯市蒙古族中学历经八十年的文化积淀和砥砺发展，取得了丰硕的办学成果，为国家培养了民族各类人才1.5万余人。学校先后获得“体育传统项目全国先进学校”、“自治区级普通高中管理先进学校”、“自治区民族教育科研实验示范学校”、“自治区基层党组织建设示范点”、自治区“五四红旗团委”、鄂尔多斯市“普通高中教学工作先进学校”、鄂尔多斯市“先进基层党组织”、“全市教育系统先进集体”等荣誉称号。学校先后被命名为自治区首批重点中学、自治区优质普通高级中学、自治区示范性普通高级中学。2019年12月被评为内蒙古自治区文明校园。

在科学迅速发展的新时代，鄂尔多斯市蒙古族中学将继续秉承“正气·朝气·大气”的校风，“爱心 ·耐心 ·匠心”的教风，“乐学 ·善思·践行”的学风，“责任 ·合作·进取”的学校精神，科学管理，开拓进取，为创建区内外有较高影响力的特色鲜明的现代民族中学而努力奋进。